Дышать грудью или дышать при помощи диафрагмы тоже следует так, как вам удобнее. Но если вы никак не можете определиться, то скажу, что вроде как дыхание диафрагмой более предпочтительно (нижней частью живота). По крайней мере, большинство специалистов считают именно так.
А вот старое мнение, что дышать нужно только носом - уже не актуально. Плюсы носового дыхания - холодный воздух согревается в носовых пазухах, а загрязненный немного очищаются. Плюс же дыхания ртом, с моей точки зрения, более существенен - кислорода в легкие поступает гораздо больше.
Но многие опытные бегуны советуют "золотую середину" - вдох через нос, выдох через рот. Мой совет - поэкспериментировать и найти наиболее приемлемый способ именно для себя. Но помните, что дыхание должно быть естественным, вы не должны заставлять себя правильно дышать, это должно получаться само собой и не доставлять неудобств.
Вот, собственно, и все. Правила простые, но соблюдать их необходимо.