25 июля 1981 года вышло закрытое постановление ЦК КПСС и Совета министров о создании подразделения, а 19 августа 1981 года был подписан приказ о создании Группы специального назначения КГБ СССР «Вымпел» для проведения операций за пределами страны в особый (угрожаемый) период. Приказы о проведении операций мог отдать только председатель КГБ СССР, и только письменно.
Первым командиром подразделения стал участник штурма дворца Амина, Герой Советского Союза капитан 1-го ранга Э. Г. Козлов из морских пограничных частей КГБ. Своё название группа получила по ассоциации с адмиральским брейд-вымпелом на мачте. Официальное название — Отдельный учебный центр (ОУЦ) КГБ СССР.
Основу «Вымпела» составили сотрудники территориальных органов госбезопасности, особых отделов КГБ и погранвойск, прошедшие специальную подготовку на курсах усовершенствования офицерского состава (КУОС), получившие боевой опыт в Афганистане.
Учебно-тренировочную базу подразделение получило в Балашихе, в «старом городке», где готовились кадры ещё для войны в Испании, диверсанты П. А. Судоплатова, в том числе и легендарный Николай Кузнецов.
К кандидатам предъявлялись сверхвысокие требования по физической и психологической подготовке. Психологические испытания включали в себя прохождение целого комплекса интеллектуальных и личностных тестов: миннесотского опросника, опросника Кеттела, тестов Роршаха, ТАТ, методики Леонгарда, Рейвена, Векслера и других — тысячи вопросов, задач, головоломок, а также проверку на полиграфе японского производства. Подготовка велась самая разносторонняя. Включала она и общефизический тренинг, и рукопашный бой, занятия по вождению любого вида автотранспорта. Параллельно они осваивали приёмы стрельбы из всех видов пистолетов, автоматов, гранатомётов, пулемётов, специального оружия, причём как отечественного, так и зарубежного производства, учились водолазному, альпинистскому, медицинскому и взрывному делу, проходили воздушно-десантную подготовку, обучение обращению со всевозможными радиостанциями. Ежедневно занимались разведывательно-аналитической и контрразведывательной работой.
Помимо этого сотрудники «Вымпела» сами участвовали в разработке оружия, снаряжения, давали тактические задания исполнителям, которые делали по их заказам специальные изделия на уровне мировых стандартов. И в Туле, и в некоторых других местах создавали прекрасные образцы вооружения, специального снаряжения для штурмовых мероприятий.
По словам Дроздова Ю. И., обучение одного бойца «Вымпела» стоило 100 000 рублей в год. На подготовку уходило до пяти лет.
В 1982 году в Афганистане начал оперативно-боевую работу отряд «Каскад-4», который являлся подразделением «Вымпела». На базе «Вымпела» был укомплектован отряд «Омега» (в составе 9 групп). В их задачи входила, в основном, советническая деятельность в спецподразделениях министерства безопасности Афганистана. 9-ю группу готовили для проведения специальной операции по освобождению советских военнослужащих, находящихся в плену у моджахедов. Через несколько месяцев «Омега» сменила в Афганистане «Каскад-4». В ходе боевых действий погибли шесть офицеров «Каскада».
В 1984 году по личной просьбе президента Мозамбика группа сотрудников «Вымпела» была направлена в эту страну в качестве «советников по борьбе с бандитизмом и инструкторов для обучения оперативно-боевых отрядов».
В 1984—1985 годах на территории Белоруссии состоялись первые учения с участием «Вымпела» под названием «Неман». Выполняя роль заброшенной группы разведчиков-диверсантов, офицеры группы «вывели из строя» крупный железнодорожный узел, «ликвидировали» нефтеперегонный комбинат, заложив на нём более 20 мин, одну из них «прилепили» даже на двери караульного помещения военизированной охраны предприятия. После этого провели успешные «диверсии» на Ярославском заводе синтетического каучука и Армянской АЭС.
Во время учений на Калининской АЭС летом 1992 года бойцы группы «Вымпел» прыгали с мотодельтапланов на крышу машинного зала реактора. Уникальность этой операции заключалась в том, что надо было пролететь на парашюте мимо проводов под напряжением до полутора мегавольт. Группа прошла через все заслоны и через семь секунд после высадки освободила пульт управления от условных «террористов».
В 1993 году сотрудники «Вымпела» предотвратили попытку вывоза радиоактивных материалов из-под Екатеринбурга.
В октябре 1993 года руководство «Вымпела» отказалось выполнять приказ Президента Б. Ельцина о штурме «Белого дома», где заседал Верховный Совет России. Совместно с «Альфой» «Вымпел» взял на себя функцию вывода депутатов Верховного Совета из здания Белого дома.
Указом президента РФ от 25 января 1994 года о расформировании Министерства безопасности России подразделение «Вымпел» было выведено из службы безопасности президента и переподчинено Министерству внутренних дел РФ под наименованием «Вега». Структурно подразделение «Вега» вошло в ГУОП МВД РФ. Из 660 человек только 49 согласились перейти в МВД. По словам командира отряда, генерал-майора В. А. Круглова, личный состав «Веги» и после расформирования «Вымпела» продолжал называть себя «вымпеловцами». Сотрудники «Веги» участвовали в операции в Будённовске, где им пришлось в сложнейшей обстановке выполнять поставленную задачу по освобождению заложников.
28 августа 1995 года указом президента отряд «Вега» был передан из ГУОП МВД РФ в УСО ФСБ. 8 сентября 1998 года по инициативе директора ФСБ России В. В. Путина указом Президента России «Вега» была упразднена. Подразделению возвратили прежнее имя, «Вымпел» стал Управлением «В» в Антитеррористическом центре ФСБ, позже — Управлением «В» Центра специального назначения ФСБ России.
В настоящее время основным направлением работы Управления «В» является проведение контртеррористических операций на стратегических объектах и предприятиях повышенной экологической опасности, пресечение террористических акций в отношении российских граждан и учреждений за рубежом, участие в мероприятиях по защите конституционного строя Российской Федерации, борьба с проявлениями международного терроризма. Современное название группы «Вымпел» — Управление «В» ЦСН ФСБ России. Большая часть информации о деятельности группы «Вымпел» до сих пор остаётся засекреченной.
Наиболее известные спецоперации "Вымпела":
1. Освобождение советских дипломатов посольства СССР в Бейруте, взятых в заложники 30 сентября 1985 года группой боевиков Гиены из организации Хезболла.
2. 6 декабря 1992 — Москва, задержание итальянских фальшивомонетчиков.
3. События сентября — октября 1993 года в Москве.
4. Оборона общежития при штурме Грозного чеченскими боевиками в августе 1996 года.
5. Март 2000 года. В селе Новогрозненское сводной группой совместно с Региональными службами специального назначения УФСБ Краснодарского края и Хабаровского края успешно проведена операция по задержанию Салмана Радуева.
6. 23—26 октября 2002 года — Москва, террористический акт на Дубровке. Сотрудники «Вымпела» принимают участие в штурме и освобождении заложников, захваченных чеченскими террористами в здании Театрального центра на улице Мельникова в Москве.
7. 1—3 сентября 2004 года — Беслан, Северная Осетия. Террористический акт в Беслане. Группа «Вымпел» участвует в освобождении учеников школы № 1 города Беслан и их родителей, захваченных в заложники террористами. За проявленные мужество и героизм подполковникам Олегу Ильину, Дмитрию Разумовскому, а также лейтенанту Андрею Туркину, офицерам Управления «В» ЦСН ФСБ России, было посмертно присвоено звание Героя России.
8. 11 февраля 2005 года — Назрань, Ингушетия. Ликвидация террориста Михаила Курскиева, приближённого Аслана Масхадова и участника нападения на Назрань в июне 2004 года. В результате операции, прошедшей в одном из домов, погиб старший лейтенант А. В. Боев, который сумел уничтожить террориста и посмертно был награждён орденом Мужества.
9. Март 2005 года — Толстой-Юрт, Грозненский район, Чечня. Сотрудниками ЦСН ФСБ в ходе проведения специальной операции уничтожен лидер чеченских сепаратистов Аслан Масхадов.
10. 17 сентября 2008 года — Сулейман-Стальский район, Дагестан. Ликвидация банды Закира Новрузова численностью 11 человек, готовившей захват школы в городе Дербент. В ходе операции погиб подполковник ФСБ В. И. Сахнов.