Угонщики приказали пилотам следовать в ливийский Бенгази, и руководство стран, граждане которых попали в заложники, стало срочно искать контакты с правительством «Ливийской джамахирии». Но террористы применили «многоходовку» - по видимому, в Бенгази к ним присоединились ещё двое, которые сообщили о том, что в Ливии оставаться опасно, и надо следовать заранее разработанному плану – совершить после дозаправки перелёт в Уганду, где найти убежище у диктатора Иди Амина, что и было сделано 28 июня 1976 г. (самолёт приземлился, когда в его баках оставалось топлива всего на 15-20 минут полёта).
В аэропорту Энтеббе к 4 или 6 угонщикам присоединилось ещё как минимум четверо террористов, и ими были выдвинуты требования об освобождении нескольких десятков экстремистов из тюрем Израиля, Франции, Швейцарии, ФРГ и Кении. В случае невыполнения этого террористы угрожали 1 июля взорвать самолёт со всеми заложниками. Правительства ряда стран сразу стали пытаться вести переговоры с Амином, хотя при этом выяснилось, что угандийские власти на стороне угонщиков, но не против роли посредников. В результате террористы решили отпустить всех заложников-неевреев, и из 260 человек на борту осталось 103 - 83 еврея (в том числе 77 граждан Израиля) и 20 заложников-неевреев (из них 12 человек были членами экипажа «Аэробуса», решившими остаться до конца, и ещё несколько лиц, которые предложили отпустить детей и женщин вместо себя или были сочтены террористами как евреи).
Сразу после этого решения авиакомпания «Air France» выслала другой самолёт, на котором были эвакуированы освобождённые угонщиками люди. Стоит отметить, что правительства Израиля и Франции в первую очередь хотели решить проблему путём дипломатических переговоров, однако практически сразу параллельно стал разрабатываться план силового освобождения. Именно для этих целей с самолёта, который прибыл для эвакуации освобождённых лиц, была произведена аэрофотосъёмка местности и осмотр зоны аэропорта. Но путь переговоров считался решающим на этом этапе, особенно Франция и Израиль пытались воздействовать на Иди Амина. В частности, его личный друг, офицер ЦАХАЛа Барух Бар-Лев попытался уговорить угандийского диктатора воздействовать на террористов, однако, хотя Амин и обещал помочь, но ничего не сделал.
Единственный важный успех, который был достигнут путём переговоров, состоял в том, что террористы согласились передвинуть срок взрыва авиалайнера с заложниками с 1 на 4 июля и, наконец, разместить людей хотя бы в здании аэропорта. Это дало людям хотя бы минимальные удобства и сделало более лёгким вариант штурма. Именно это позволило израильским спецслужбам не только подготовиться к проведению операции по силовому освобождению заложников, но и успешно осуществить её.
В ходе подготовки к операции был сделан анализ уровня тактических возможностей угандийской армии и были просчитаны возможные варианты развития событий. После того как захваченный террористами самолёт сел в Энтеббе, в Кению и Уганду срочно были направлены агенты израильской спецслужбы «Моссад», благодаря которым были получены данные о силах террористов и подразделениях угандийской армии в районе Кампалы. Данные эти были не очень благоприятными – между международными угонщиками и военными властями Уганды были установлены тесные взаимоотношения, а в зоне Энтеббе размещалось примерно 20.000 солдат и более 260 единиц техники. Однако это было хотя и большой, но не главной проблемой – более серьёзную опасность представляло примерно 50 угандийских Миг-17 и Миг-21, которые могли пресечь операцию ещё до её начала или не дать ей благополучно завершиться.
Переброска крупных сил авиации для нейтрализации этой угрозы, во-первых, была бы сразу замечена на радарах, а во-вторых, была бы воспринята международным сообществом как очередная якобы агрессия Израиля против другой страны. В связи с этим был разработан менее рисковый план: подразделение израильских боевых пловцов должно было быть десантировано на озеро Виктория, добраться до берега, пройти через болота и неожиданным ударом истребить террористов и освободить заложников, потребовав у Амина после этого свободного прохода домой.
Однако по ряду причин от этого плана было решено отказаться, т.к. израильскому правительству стало ясно, что угандийский диктатор не настроен на помощь и всецело поддерживает угонщиков. В результате был выбран намного более рискованный, буквально «на грани фола», план с десантированием ударной группы с единичного транспортного С-130 «Геркулес» прямо в аэропорту Энтеббе.
Несмотря на то, что израильтянам удалось достаточно хорошо разведать местность вокруг Энтеббе, информация о том, что происходит внутри авиалайнера и внутри здания аэропорта, была очень скудной. Тогда было решено создать тактический макет терминала, на котором были проработаны различные варианты действий, чему очень помог тот факт, что здание аэропорта строилось израильской фирмой, которая предоставила его планы. Большую помощь также оказали освобождённые заложники, которые дали информацию о числе террористов, их личностях и примерном размещении угандийских солдат.
Другой проблемой было очень большое расстояние (~4000 км.), что делало затруднительным действия авиации Израиля, а, кроме этого, при любом варианте требовалось согласование действий хотя бы с одной из африканских стран региона для получения воздушного коридора. В итоге правительству Израиля удалось получить согласие президента соседней с Угандой Кении Джомо Кениаты на пересечение воздушного пространства и чуть позже и на дозаправку.
В итоге группа израильских самолётов, основу которой составляли 4 транспортных Lokheed C-130 “Hercules”, в сопровождении нескольких Mc-Donnel Douglas F-4 “Phantom” вылетела в свой невероятный рейд. Кроме указанных самолётов, в составе группы были два Boeing 707, один из которых был летающим штабом и осуществлял координацию всей операции, а другой - летающим госпиталем и приземлился в аэропорту Найроби. Самолёты прошли вдоль Красного моря на юг на сверхмалых высотах, чтобы избежать египетских и саудовских радаров, и поздно ночью первый из «Геркулесов» с ударной группой приземлился на взлётно-посадочной полосе аэропорта Энтеббе.
Наземные службы Уганды приняли приземлившийся борт за лайнер, который реально должен был вскоре прилететь, но чуть позднее. В ночном мраке чёрный «мерседес» в сопровождении «лэнд-роверов» выкатился из чрева самолёта и помчался к зданию аэропорта. На автомобилях, которые должны были имитировать прибытие высокого чиновника или самого Амина (который как раз улетел из страны), находилась атакующая группа из 29 израильских коммандос. Её основу составляли бойцы подразделения «Сайерет Маткаль», израильского аналога британской SAS, во главе с подполковником Йонатаном Нетаньяху.
Следом за первым транспортником успешно приземлились ещё три «Геркулеса», из которых были десантированы группы поддержки и резерва, которые состояли из примерно 60 бойцов, отобранных из специальной роты бригады «Голани» и из 35-й воздушно-десантной бригады «Цаханим». Целью ударной группы был прорыв в здание аэропорта и ликвидация террористов. Целями групп поддержки и резерва были создание внешнего периметра для защиты десантных бортов, предотвращение попыток помощи террористам со стороны угандийской армии, а также в случае необходимости оказание помощи ударной группе и осуществление дозаправки приземлившихся самолётов (в случае отказа Кении от предоставления аэропорта на её территории).
В целом можно сказать, что операция удалась – несмотря на то, что кортеж был остановлен постом досмотра, с момента первых выстрелов из бесшумного оружия и до момента ликвидации террористов, охранявших заложников, прошло меньше 2 минут. В качестве важных слагаемых успеха стоит отметить, что все заложники размещались в главном холле аэропорта, примыкавшего прямо к взлётно-посадочной полосе, а также то, что этот холл не был заминирован. Больше того, всего лишь один террорист находился непосредственно среди заложников - марксист-экстремист Вильфрид Бёзе, который к тому же не стал расстреливать окружавших его людей, а вступил в бой с силами спецназа. Другие трое террористов находились в соседнем помещении и также не смогли причинить вред заложникам.
В итоге в ходе боя, по разным данным, было убито от 4 до 7 террористов из 8 или 10, участвовавших в захвате. К сожалению, в ходе освобождения перекрёстным огнём было убито двое заложников, а ещё один заложник был застрелен спецназовцем, т.к. остался стоять после приказа «Падайте на пол!» (или находясь в состоянии шока, или не поняв смысла сказанного, т.к. приказ был произнесён на иврите и на английском, а он был французским евреем, не знавшим ни того, ни другого языка).
После этого солдаты спецподразделений стали выводить заложников и вести их к транспортным самолётам. В это время угандийские солдаты поняли, что происходит, и открыли огонь, вызвав подкрепления. В результате этой перестрелки погиб командир ударной группы, тогда как угандийцы потеряли от 20 до 45 человек и были вынуждены отступить. Кроме вышеуказанных жертв, было ранено 5 заложников и 4 бойца спецназа (один из которых стал парализованным инвалидом). В это же время для нейтрализации угрозы со стороны ВВС Уганды силы специального назначения Израиля уничтожили от 11 до 30 боевых самолётов, находившихся на авиабазе (что составляло значительную долю всех самолётов, имевшихся в распоряжении Иди Амина).
Всего операция по освобождению заложников заняла чуть меньше 2 часов: первый «Геркулес» вылетел в Найроби через 53 минуты после высадки бойцов, а последний израильский самолёт поднялся в воздух из аэропорта Энтеббе через 1 час 42 минуты. Дозаправка топливом на месте не потребовалась, т.к. президент Кении всё же дал в итоге согласие не только на воздушный коридор, но и на использование аэропорта Найроби, что, несомненно, способствовало успеху замысла.
Последней жертвой с захваченного рейса Тель-Авив – Париж стала погибшая от рук гвардейцев Амина 75-летняя Дора Блох, помещённая до начала операции в больницу из-за критического состояния. По некоторым данным, несколько медсестёр и врачей, пытавшихся помешать убийцам, были также застрелены. Однако наибольшие жертвы в результате операции «Молния» были понесены представителями народов Кении, проживавшими в Уганде (которую Амин обвинил в помощи Израилю). Точное число этих жертв неизвестно до сих пор, но как минимум речь идёт о сотнях убитых кенийцев, как погибших от рук угандийских солдат, так и от рук враждебных племён, которые получили «карт бланш» на погромы и убийства от угандийского диктатора.
В Израиле первоначальный план операции именовался «Удар грома» («Kadur hara'am»), на английском – «Thunderbolt» («Молния»); впоследствии в честь погибшего командира спецназа действия в Энтеббе стали называться «Операция Йонатан» («Mivtsa Yonatan»). Следует также добавить, что после произошедшего африканские, арабские и социалистические страны созвали специальную сессию ООН по вопросу нарушения суверенитета Уганды, однако большинство стран мира посчитали действия Израиля «вынужденными и вполне терпимыми». Сама же операция «Удар грома» надолго стала образцом невероятного успеха, основанного на точном расчете и вере в победу.
Ну и в завершении в качестве курьёза можно сказать о том, что французский экипаж "Аэробуса", добровольно оставшийся с заложниками, сразу по возвращении во Францию получил выговор от руководства авиакомпании "Air France" и был отстранён от полётов. Однако вскоре все они были объявлены национальными героями, награждены "Орденами мужества" ("Ordre National du Merite"), а командир воздушного судна Мишель Бако стал ещё и кавалером "Ордена Почётного легиона", и, разумеется, все члены экипажа были восстановлены на работе.
